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这种策略的优劣取决于它们区分相关（近）蛋白质的能力，即分辨率的高低，比如要能够区分出经不同类型修饰的蛋白质，还取决于待测样品的复杂程度。这种研究策略大的问题是动态范围太窄，而且处理样品的能力也不够高，不具备高通量分析的功能，因此不足以进行蛋白质组学研究。而且，些比较重要的蛋白质，比如膜蛋白等还不能用该方法进行分析，因为该方法只能用于分析复杂度比较低的样品，或者用于对某特定蛋白进行分析的实验。