在蛋白质鉴定试验中，仪器的分辨率（能很好地区分不同组分）和准确性是主要的，而在定量研究中，敏感度动态范围和MRM才是要的。因此，我们应该根据实验目的的需要以及实验设计安排来确定该使用哪种质谱仪。 要想用全扫描模式（fullsnmode）获取定量数据的同时再用MS/MS模式获取定性数据是件非常困难的事情。不过某些“杂交”质谱仪，比如LIT-IR质谱仪，由于它们能够平行采集数据，因此可以部分解决上面那个问题。的定量分析需要源自整个洗脱图（entireelutionprofile）的高质量的高信噪比的数据信息。数据质量与数据采集参数高度相关，这些数据采集参数包括扫描时间或者采样时间（对于非扫描质谱仪而言）。因此，我们经常需要在数据质量和样品处理能力（量）之间做出取舍。