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试剂盒本身质量有问题,如引物选择循环参数等选择不当。 降解的陈旧模板扩增也易产生涂布。 溴酚蓝前有区带(很宽) 模板量太低。增加模板DN的用量。 循环次数太多。减少循环次数。 复性度偏低。提高复性温度。 预变性后没有立刻上机循环。 引物3'端是否互补;重新设计合成较长的引物。 引物用量偏多。降低引物的使用量。

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幸好这些问题已经部分得到了解决,通过裂解的方法可以降低样品的复杂程度。常用的裂解方法主要针对的都是蛋白质组中生物信息学资料丰富的部分,比如富含半胱酸的肽段磷酸化的肽段糖基化的肽段等等。这种“nio枪法”策略适合用于快速鉴定复杂样品中的组分,也非常适合用于对不同样品中同蛋白质的定量比较研究。在“nio枪法”策略中,在蛋白质水解过程里,不同肽段间的联系信息以及肽段与其来源蛋白质间的联系信息都已经丢失了,因此该方法不太适合用于对具有多重修饰的蛋白质进行鉴定工作。
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