质谱检测法如何进行蛋白质分析？ MS/MS操作模式 串联质谱仪通常使用的都是离子模式来鉴定蛋白质的氨基酸序列。目前所有的MS/MS质谱仪都具有该功能。不过其它特殊的质谱仪也具有MS/MS功能。如果要发现蛋白质中的某个功能基团则需要用到离扫描功能或者中性丢失扫描功能，而这就必须用到重杆质谱仪，如Q-Q-Q质谱仪，或级杆离子阱质谱仪，如Q-Q-LIT质谱仪。比如复杂混合物里的蛋白质磷酸化位点和糖基化位点就都可以用这种方法（在碰撞池中产生特殊的报告离子，通过它来进行特殊的功能检测）检测出来。在个典型的质谱检测试验中，首先先用离扫描或中性丢失扫描都能发现目标组分，然后再用传统的MS/MS方法鉴定蛋白质的氨基酸序列以及定位修饰位点。